L’idylle entre Clémentine et Joel a pris fin, en raison de leurs caractères trop différents et de la routine. Pour apaiser ses souffrances, Clémentine a recours à Lacuna, un procédé révolutionnaire qui efface certains souvenirs. Désespéré, Joel décide de suivre le même processus. Mais quand le passé défile dans sa tête, les regrets surgissent.